Hola Rafael.
Si la factura fue impresa, se puede anular desde el menú Comprobantes -> Factura -> Anular. Eso anula formalmente la factura y revierte los movimientos de stock y de dinero que se hayan hecho.
Si la factura no fue impresa, no es posible ni necesario anularla ya que no cuenta ni suma en ningún sentido.
Saludos.